P1/P2 | 968f/U1402r | ||||||||||||
(a) | OL-KR40/385m | OL-KR49/532m | OL-KR40/609m | ONK-PVA3/83m | OL-KR43/96m | OL-KR42/175m | |||||||
Target | Taxa | HTP | DGGE | HTP | DGGE | HTP | DGGE | Cloning | DGGE | Cloning | DGGE | Cloning | DGGE |
Bacteria | α-proteobacteria | 1.90 | 0.80 | 1 | 4.55 | 1.11 | |||||||
β-proteobacteria | 1.70 | 1 | 68.00 | 3 | 40.90 | 5 | 15.38 | 3.33 | 15.38 | ||||
γ-proteobacteria | 83.40 | 5 | 11.00 | 2 | 23.50 | 1 | 38.46 | 1 | 21.11 | 38.46 | 2 | ||
δ-proteobacteria | 0.30 | 2 | 0.90 | 23.08 | 41.11 | 23.08 | |||||||
ε-proteobacteria | 2.70 | 0.70 | 1.54 | 1.11 | 1 | 1.54 | |||||||
Clostridia | 0.20 | 20.20 | 0.80 | ||||||||||
lowg+cFirmicutes | 1.00 | 0.40 | 1 | 1.50 | 1 | 22.73 | 15.56 | 1 | 7.69 | ||||
Bacilli | 1 | ||||||||||||
Tenericutes | 0.40 | 4.00 | |||||||||||
Erysipelotrichi | 0.04 | 0.30 | |||||||||||
Bacteroidetes -Flavobacteria | 0.80 | 1 | 26.00 | 1 | 12.50 | 4.44 | 1.54 | ||||||
Chlamydiae | 0.30 | 0.20 | 1.14 | 1.11 | 6.15 | ||||||||
Spirochaete | 0.03 | 0.40 | |||||||||||
Candidate Division OD1 | 1 | ||||||||||||
Actinomycetes | 2.27 | 1.54 | |||||||||||
Verrucomicrobia | 2.22 | ||||||||||||
Chloroflexi | 1.14 | 1.11 | |||||||||||
Chlorobi | 4.55 | 2.22 | |||||||||||
Nitrospirae | 9.09 | ||||||||||||
Candidate Division OP3 | 4.55 | 2.22 | 1.54 | ||||||||||
Candidate Division OD1 | 6.82 | 1.54 | |||||||||||
Candidate Division OP11 | 2.27 | 1.11 | |||||||||||
Candidate Division TM7 | 2.22 | 1.54 | |||||||||||
Archaea | 0.03 | 0.02 | |||||||||||
A344F/A519RP | |||||||||||||
(b) | OL-KR40/385m | OL-KR49/532m | OL-KR40/609m | ||||||||||
Target | HTP | DGGE | HTP | DGGE | HTP | DGGE | |||||||
Archaea | Uncultured Thermoplasmatales | 52.20 | 1 | 81.40 | 58.10 | 1 | |||||||
Cultured Thermoplasmatales | 13.70 | ||||||||||||
Pendant 33/DHVE3, 4, 6 | 7.30 | 47.30 | 1 | ||||||||||
Methanosarcinales | 10.00 | 3 | 0.20 | 1 | |||||||||
SAGMEG/SAGMA1 | 1 | 6.90 | 2 | 19.00 | 1 | ||||||||
Methanobacterium | 0.20 | ||||||||||||
MEG | 1.50 | ||||||||||||
Crenarchaeota group C3 | 1.90 |